冷卻系統是真空爐的重要部分。冷卻水路應保持暢透，否則水溫升高造成停機。這是真空爐工作時常披忽視的問題當無人管理時可能會導致真空爐的重大毀壞。用生物分解化學輔助方法處理冷卻水，目的是保持礦物質呈懸浮態，減少橡皮管、蛇形管和水套內沉淀物累積，以使水流暢通。這一般采用一種自動裝置來完成，它可以監測水的導電性，自動補充化學劑，沖冼水路，添加新鮮水。與附屬蒸氣過濾系統配合，這種方法還可以保證水的pH值控制，防止在冷卻水系統中多余礦物質沉積。在系統工作穩定后，至少應每月一次進行水質試驗以防過處理或欠過理。真空爐外殼和熱交換器材料的試驗樣品也應放在水路系統中，每年做一次重量損失檢驗以檢查處理的效果。對擴散泵的蛇形管冷卻器必須特別注意。應該經常檢查。如果堵塞了，擴散泵將會過熱并喪失功能，而且還進一步引起擴散泵加熱器燒毀，造成昂貴的、費時的修理。當蛇形冷卻水管堵塞時，將水路同水源斷開，排水并用壓縮空氣吹通或用稀醋酸溶液沖洗。

    關鍵是做好停電應急措施，控制柜應有電源急停裝置。必須做好停電的預防措施！

    碰上突然停電時可用發電機抽冷卻水,也可沖氮氣冷卻真空爐。防止真空爐因停電而超溫損壞密封圈。真空爐的循環水系統嚴禁斷水!冷卻水的壓力必須按照額定壓力設備冷卻水進口處壓力：0.15～0.3MPa、流量約30m3/h。進水溫度≤32℃、推薦用戶主水泵配揚程約50m,流量約30m3/h。需要水池及冷卻塔。壓縮空氣源：0.4～0.8MPa、流量：1m3/h。真空爐因為安裝了水溫、水壓和流量繼電器，當出現不正常情況時應能斷電， 并及時報警。

   
真空爐的真空抽氣系統中配備與電源聯鎖的自動閥門，在發生停電事故時能夠關斷抽氣管路，防止空氣和真空泵油進入爐內。